Zaman içerisinde kapasite kaybı ve su kalitesinde düşüş yaşanan membranların eski formuna dönmesi için yıkama işlemi uygulanabilir. Membran yıkama genel olarak kirlilik çeşidine göre 3 basamaktan oluşmaktadır. Organik ve mikrobiyolojik kirlilik giderimi için Biosit yıkama, Fiziksel kirliliklerin giderimi için bazik yıkama ve tuz çökelmesini gidermek için asidik yıkama uygulamaları mümkündür. Seçilecek kimyasal membranı kesinlikle deforme etmemeli, kirlilikleri de yüzeyden uzaklaştırabilecek özellikte olmalıdır. Ayrıca yıkama yapılması gereken su debisi ve pompa kapasitesi de Membran adedine göre hesaplanmalıdır.